Pada 20 Oktober 2004, Siti Fadilah Supari ditunjuk Presiden Susilo Bambang Yudhoyono untuk memimpin Departemen Kesehatan. Ia mengaku terkejut karena ditunjuk menjadi menteri. Serah terima jabatan menteri kesehatan dari Achmad Sujudi ke Siti Fadilah dilakukan di Jakarta, 21 Oktober 2004.
Film Kaleidoskop Departemen Kesehatan tahun 1999-2004 diputar pada acara tersebut. Selain itu, Achmad Sujudi juga menyerahkan 32 buku yang berisi kegiatan, kebijakan dan peraturan perundang-undangan yang dihasilkan serta memori jabatan yang diharapkan dapat menjadi acuan kebijakan selanjutnya.
Siti Fadilah mengakhiri pengiriman virus flu burung ke laboratorium WHO pada November 2006 karena ketakutan akan pengembangan vaksin yang lalu dijual ke negara-negara berkembang, dengan Amerika Serikat mendapat keuntungan dan Indonesia tidak mendapat apa-apa. Ia juga takut bahwa vaksin itu akan digunakan untuk senjata biologi.
Setelah itu, ia berusaha mengembalikan hak Indonesia. Pada 28 Maret 2007, Indonesia mengumumkan bahwa mereka telah mencapai kesepakatan dengan WHO untuk memulai pengiriman virus dengan cara baru untuk memberikan akses vaksin terhadap negara berkembang. Siti Fadilah mengkonfirmasi pada tanggal 15 Mei 2007 bahwa Indonesia kembali mengirimkan sampel H5N1 ke laboratorium WHO.
Pada Maret 2007, ia menuding Askes tidak menyalurkan klaim rumah sakit sesuai dengan permintaan dalam rapat di Dewan Perwakilan Rakyat.
Pada tanggal 6 Januari 2008, Siti Fadilah merilis buku Saatnya Dunia Berubah! Tangan Tuhan di Balik Virus Flu Burung yang berisi mengenai konspirasi Amerika Serikat dan WHO dalam mengembangkan "senjata biologis" dengan menggunakan virus flu burung.
Bukunya dianggap membongkar konspirasi WHO dan AS Siti Fadilah "membuka kedok" World Health Organization (WHO) yang telah lebih dari 50 tahun mewajibkan virus sharing yang ternyata banyak merugikan negara miskin dan berkembang asal virus tersebut.
Buku ini menuai protes dari petinggi-petinggi WHO dan AS. Buku edisi Bahasa Inggris ditarik dari peredaran untuk dilakukan revisi, sedangkan buku edisi Bahasa Indonesia masih beredar dan memasuki cetakan ke-4.
Berikut adalah sebagian kutipan dari apa yang tertulis di buku tersebut.
Pada Selasa, 12 Mei 2009, ia meminta disampaikan secara khusus agar penerimaan mahasiswa asing untuk bidang kedokteran dihentikan secara bertahap kepada petinggi Universitas Padjadjaran, Bandung, dihadapan para wartawan, saat berkunjung ke Rumah Sakit Mata Cicendo, Bandung. Alasannya, masih banyak orang Indonesia yang ingin jadi dokter, serta fasilitas rumah sakit yang dipakai untuk praktik mahasiswa kedokteran asing dibiayai oleh uang rakyat tapi dipakai calon dokter dari Malaysia.
Departemen Kesehatan bekerja sama dengan Metro TV, membuat acara talkshow yang bernama Bincang Bincang Bareng Bu Menkes yang kerap disingkat B4M. Acara ini kerap tayang setiap minggu malam, dan yang berperan sebagai co-host adalah Denny Chandra dan Kelik.
Pada bulan Oktober 2009 Presiden Susilo Bambang Yudhoyono secara resmi melantik menteri Kabinet Bersatu II.[12] Endang Rahayu Sedyaningsih ditunjuk sebagai pengganti Siti Fadilah sebagai Menteri Kesehatan yang baru.
Kontroversi Tersangka Korupsi Proyek Alat Kesehatan 2005
Mantan Menteri Kesehatan Siti Fadilah menjadi tersangka kasus dugaan korupsi pada bulan April 2012 atas proyek pengadaan alat kesehatan untuk kejadian luar biasa tahun 2005 senilai 15 Miliar Rupiah dengan perkiraan kerugian negara sebesar 6 Miliar Rupiah.
Ketua Umum DPP Partai Amanat Nasional (PAN), Zulkifli Hasan, meragukan adanya aliran uang dari kasus dugaan korupsi pengadaan alat kesehatan (Alkes) oleh tersangka Siti Fadilah ke koleganya di partai matahari terbit, Soetrisno Bachir dan Amien Rais.
Film Kaleidoskop Departemen Kesehatan tahun 1999-2004 diputar pada acara tersebut. Selain itu, Achmad Sujudi juga menyerahkan 32 buku yang berisi kegiatan, kebijakan dan peraturan perundang-undangan yang dihasilkan serta memori jabatan yang diharapkan dapat menjadi acuan kebijakan selanjutnya.
Siti Fadilah mengakhiri pengiriman virus flu burung ke laboratorium WHO pada November 2006 karena ketakutan akan pengembangan vaksin yang lalu dijual ke negara-negara berkembang, dengan Amerika Serikat mendapat keuntungan dan Indonesia tidak mendapat apa-apa. Ia juga takut bahwa vaksin itu akan digunakan untuk senjata biologi.
Setelah itu, ia berusaha mengembalikan hak Indonesia. Pada 28 Maret 2007, Indonesia mengumumkan bahwa mereka telah mencapai kesepakatan dengan WHO untuk memulai pengiriman virus dengan cara baru untuk memberikan akses vaksin terhadap negara berkembang. Siti Fadilah mengkonfirmasi pada tanggal 15 Mei 2007 bahwa Indonesia kembali mengirimkan sampel H5N1 ke laboratorium WHO.
Pada Maret 2007, ia menuding Askes tidak menyalurkan klaim rumah sakit sesuai dengan permintaan dalam rapat di Dewan Perwakilan Rakyat.
Pada tanggal 6 Januari 2008, Siti Fadilah merilis buku Saatnya Dunia Berubah! Tangan Tuhan di Balik Virus Flu Burung yang berisi mengenai konspirasi Amerika Serikat dan WHO dalam mengembangkan "senjata biologis" dengan menggunakan virus flu burung.
Bukunya dianggap membongkar konspirasi WHO dan AS Siti Fadilah "membuka kedok" World Health Organization (WHO) yang telah lebih dari 50 tahun mewajibkan virus sharing yang ternyata banyak merugikan negara miskin dan berkembang asal virus tersebut.
Buku ini menuai protes dari petinggi-petinggi WHO dan AS. Buku edisi Bahasa Inggris ditarik dari peredaran untuk dilakukan revisi, sedangkan buku edisi Bahasa Indonesia masih beredar dan memasuki cetakan ke-4.
Berikut adalah sebagian kutipan dari apa yang tertulis di buku tersebut.
Namun ironisnya pembuat vaksin adalah perusahaan yang ada di negara-negara industri, negara maju, negara kaya yang tidak mempunyai kasus flu burung pada manusia. Dan kemudian vaksin itu dijual ke seluruh dunia juga akan dijual ke negara kita. Tetapi tanpa sepengetahuan apalagi kompensasi untuk si pengirim virus, yaitu saudara kita yang ada di Vietnam.
Mengapa begini? Jiwa kedaulatan saya terusik. Seolah saya melihat ke belakang, ada bayang-bayang penjajah dengan semena-mena merampas padi yang menguning, karena kita hanya bisa menumbuk padi menggunakan lesung, sedangkan sang penjajah punya mesin sleyp padi yang modern. Seolah saya melihat penjajah menyedot minyak bumi di Tanah Air kita seenaknya, karena kita tidak menguasai teknologi dan tidak memiliki uang untuk mengolahnya. Inikah yang disebut neo-kolonialisme yang diramal oleh Bung Karno 50 tahun yang lalu? Ketidak-berdayaan suatu bangsa menjadi sumber keuntungan bangsa yang lain? Demikian jugakah pengiriman virus influenza di WHO yang sudah berlangsung selama 50 tahun, dengan dalih oleh karena adanya GISN (Global Influenza Surveillance Network). Saya tidak mengerti siapa yang mendirikan GISN yang sangat berkuasa tersebut sehingga negara-negara penderita Flu Burung tampak tidak berdaya menjalani ketentuan yang digariskan oleh WHO melalui GISN dan harus patuh meskipun ada ketidak-adilan? ”Siti Fadilah menjamin bahwa Indonesia dapat memproduksi vaksin flu burung sendiri pada Mei 2008. Ia juga menyatakan bahwa industri vaksin Indonesia setara dengan Republik Rakyat Tiongkok.
Pada Selasa, 12 Mei 2009, ia meminta disampaikan secara khusus agar penerimaan mahasiswa asing untuk bidang kedokteran dihentikan secara bertahap kepada petinggi Universitas Padjadjaran, Bandung, dihadapan para wartawan, saat berkunjung ke Rumah Sakit Mata Cicendo, Bandung. Alasannya, masih banyak orang Indonesia yang ingin jadi dokter, serta fasilitas rumah sakit yang dipakai untuk praktik mahasiswa kedokteran asing dibiayai oleh uang rakyat tapi dipakai calon dokter dari Malaysia.
Departemen Kesehatan bekerja sama dengan Metro TV, membuat acara talkshow yang bernama Bincang Bincang Bareng Bu Menkes yang kerap disingkat B4M. Acara ini kerap tayang setiap minggu malam, dan yang berperan sebagai co-host adalah Denny Chandra dan Kelik.
Pada bulan Oktober 2009 Presiden Susilo Bambang Yudhoyono secara resmi melantik menteri Kabinet Bersatu II.[12] Endang Rahayu Sedyaningsih ditunjuk sebagai pengganti Siti Fadilah sebagai Menteri Kesehatan yang baru.
Kontroversi Tersangka Korupsi Proyek Alat Kesehatan 2005
Mantan Menteri Kesehatan Siti Fadilah menjadi tersangka kasus dugaan korupsi pada bulan April 2012 atas proyek pengadaan alat kesehatan untuk kejadian luar biasa tahun 2005 senilai 15 Miliar Rupiah dengan perkiraan kerugian negara sebesar 6 Miliar Rupiah.
Ketua Umum DPP Partai Amanat Nasional (PAN), Zulkifli Hasan, meragukan adanya aliran uang dari kasus dugaan korupsi pengadaan alat kesehatan (Alkes) oleh tersangka Siti Fadilah ke koleganya di partai matahari terbit, Soetrisno Bachir dan Amien Rais.